1、二氧化碳培养箱的选择：
二氧化碳培养箱的制造商们设计了多种不同的装置去减少和防止污染的发生，其主要是防污染设计和消毒灭菌系统的改进，以达到消毒灭菌的目的。如带有紫外消毒功能的二氧化碳培养箱、带HEPA过滤器净化空气的二氧化碳培养箱，以及带高温灭菌的二氧化碳培养箱等，后者又分为高温干热和高温湿热两类。这些装置的灭菌能力各有千秋，紫外灯消毒范围有限，距离灯越远，或者被遮挡，消毒能力越差。
HEPA过滤器的过滤膜孔径有限，无法去除病毒和一些微小细菌，并且容易损耗，也有其局限性。相比而言，高温灭菌则是比较有效的方法。而高温干热和高温湿热也有所不同，不同方法的灭菌效率与温度的高低也有着直接的关系。上海润度生物推出的Herocell系列二氧化碳培养箱可进行140℃的高温干热灭菌，当然也可进行90℃的湿热灭菌，为用户的灭菌方式提供了丰富的可选择性。
2、培养工作人员习惯：
人为因素和态度可以对环境、人和物起到一个正面或负面的影响。以安全为目的，实验室内的工作人员应明白自身的态度和人为因素对实验环境的重要性。因此，对实验室工作人员进行专业培训对防污染有着重要作用。
3、重视管理：
细胞室内的二氧化碳培养箱应由专人负责管理，定期对系统进行校正，至少每年一次。各项数值一旦固定后，不要随意调节，以免影响箱内温度、湿度、CO2浓度的波动，降低机器的灵敏度，同时还会影响二氧化碳培养箱内的细胞生产状态。
使用前，对二氧化碳培养箱的各项指标进行系统校正，并且对箱体和内部进行消毒处理，等各项数值稳定一段时间后方可使用。一旦出现紧急问题，应及时上报，应由专业的人员进行操作，马上采取应对措施，以免造成不必要的损失。
4、规范操作：
二氧化碳培养箱的使用虽然很简单，但同样需要规范操作。进细胞室穿着实验服，换上拖鞋或者穿一次性的鞋套。实验操作时带一次性手套，是打开二氧化碳培养箱前，先用75%的酒精喷壶喷洗双手再开二氧化碳培养箱，再取出细胞培养瓶或培养板。显微镜下查看细胞培养瓶或培养板后，再放回二氧化碳培养箱时，同样也要喷酒精消毒。
二氧化碳培养箱的两个门开关取(放)物要迅速，不可长时间开着，否则会影响CO2的浓度、温度和湿度，以及造成污染。尤其是不要忘了关好里层的玻璃门。切记开门时不要对着二氧化碳培养箱说话，大口呼吸或打喷嚏。
5、加强防护：
如果实验人员生病而携带病菌，应带上口罩再进细胞室，病情严重的则不宜进行实验。女性同志实验时头发应梳起，防止皮屑污染及连带事件的发生。如果实验室条件允许，可以每人佩戴实验帽、手套和口罩，以防污染二氧化碳培养箱及对实验人员的自身的防护。
6、注重保养：
二氧化碳培养箱置于细胞室中，室内需保持干燥，环境温度不能超过30℃（建议保持在18℃-30℃）。二氧化碳培养箱放置在远离门窗、供暖设备和空调导管的地方，不能被阳光直接照射。二氧化碳培养箱的放置台面水平避震且非易燃材质，不能靠在墙壁或类似的建筑物上，其后部接电处和墙壁至少保留30cm的空间。一旦放好不宜再移动。
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